1) 保护生物多样性

　　生物多样性是指从分子到景观各种层次生命形态的集合。水生态系统不仅为各类生物物种提供繁殖生息的场所，而且还为生物进化及生物多样性的产生与形成提供了条件。

　　2) 调节气候与大气

　　水生态系统通过水汽循环起到调节气候的作用。水生态系统中的绿色植物通过光合作用释放氧气，同时固定大气中的二氧化碳，从而保证了生命活动必需的氧气含量和气候条件。此外，部分水生植物还具有吸收空气中有害气体的功能，而优质的水体自身还具有一定的吸附粉尘及微生物的空气净化能力。

　　3) 水质净化

　　良好的水生态系统具有削减污染物的作用。生活生产废污水进入水生态系统后，首先被稀释，而后通过水生植物的吸附、吸收作用，及水中微生物的分解作用，被消耗降解。河流湖泊中的各种水生植物（挺水、浮水、沉水植物）能够有效的吸收污染物，许多植物组织能够富集浓度比周围水体高出10万倍以上的重金属，从而净化水质，降解污染。而河流生态系统中，由于水流速度不同，在水流速度趋缓处，水中悬浮的固体物质沉降下来，部分污染物黏贴在沉积物上随之沉积，加速了污染物降解过程。

　　4) 调蓄洪水

　　蓄积洪水水量、调节洪峰是水库、湖泊、河流等生态系统的重要服务功能。

　　5) 营养物质贮存与循环

　　河流湖泊通过自身生态系统的营养循环完成碳、氮、磷等大量营养元素在水体与大气、土壤等介质交换。

　　6) 基因库

　　由于良好的水生态系统同时具有陆地与水体两种生存环境，因此水生态系统同时兼具丰富的陆生和水生植物资源，形成了单一生态系统无法比拟的天然基因库。

　　7) 景观文化

　　良好的水环境提升景观文化品质。