生态系统结构是指生态系统中生物的和非生物的诸要素在时间、空间和功能上分化与配置而形成的各种有序的系统。 
　　湖泊生态系统，是由湖泊内生物群落及其生态环境共同组成的动态平衡系统。湖泊内的生物群落同其生存环境之间，以及生物群落内不同种群生物之间不断进行着物质交换和能量流动，并处于互相作用和互相影响的动态平衡之中。这样，在湖泊内构成的动态平衡系统就是湖泊生态系统。 
　　（一）、基本特征：界限明显；面积较小；水温分层现象明显；水量变化大;演替、发育缓慢 
　　（二）、湖泊生物群落： 
　　沿岸带生物群落：挺水植物；漂浮（浮水）植物；沉水植物；浮游植物、动物；自游动物；附生生物； 
　　敞水带生物群落：开阔水面的浮游植物（硅藻、绿藻、蓝藻）和动物； 
　　深水带生物群落：生物主要在沿岸带和湖沼带获取食物，深水带生物主要为分解者（微生物和无脊椎低等动物）。